拌料后的酱菜真空包装后便于存贮和运输。为了长时间的存贮酱菜，需要对酱菜进行巴氏杀菌处理。巴氏杀菌的目的是杀死有害细菌，使杀菌后的酱菜达到国家食品级要求。根据酱菜的包装的不同采用不同的巴氏杀菌方式。酱菜的种类很多，包装也各不相同，酱菜的包装有瓶装酱菜和袋装酱菜。包装的不同采用的巴氏杀菌的方式会有所不同。瓶装酱菜的杀菌适合采用喷淋式的杀菌，喷淋杀菌采用分段式的杀菌方式，玻璃瓶对温度的耐受力没有那么高，必须经过分段的升温和分段的降温才能更好的满足杀菌的要求。

   首先需要进行预热处理，温度50-60度之间，预热可以使杀菌的水缓慢的升温使玻璃瓶有缓升温的作用。保护玻璃瓶不会因为温度的突然升高而炸瓶。第二段杀菌：玻璃瓶经过预热后利用链板带输送到杀菌段，温度70-80度，再到90-100度进行杀菌。杀菌温度和杀菌时间可以根据产品不同进行自行设定。

   袋装的酱菜可以采用水浴式的巴氏杀菌的方式，水浴式是将包装好的酱菜完全的浸在巴氏杀菌池中，优点：完全浸在水中可以杀菌均匀。水浴式巴氏杀菌：水浴式的杀菌可以适用袋装食品或者饮料的杀菌使用。物料完全的浸在杀菌池中温度逐渐升温。温度在60-100度之间可调。时间也可自动控制。对于重量比较轻的物料可以在蒸煮池的上端加覆压网带将物料完全的压入水中，保证杀菌的均一性。上压网带还有带动物料前进的作用，使物料有序的前进。物料的传送速度可以根据需要进行自行调整。